محمد مختاری، شاعر، نویسنده، مترجم و عضو هیأت دبیران کانون نویسندگان ایران آذر ۱۳۷۷ در جریان قتل‌های زنجیره‌ای سیاسی به دست مأموران وزارت اطلاعات ایران به قتل رسید. مهرداد عالیخانی، از مأموران وزارت اطلاعات در قتل‌های زنجیره‌ای در شرح قتل او گفته بود:
« مختاری برای خرید در حوالی محل سکونت خود بیرون آمده بود. حدود بیست‌دقیقه خریدش طول کشید. در حال برگشتن یک کوچه مانده به منزلش جلوی او را گرفته و سوار اتومبیل کردیم… داخل ساختمان شدیم. در همان اتاق اول از وی خواستند روی زمین بنشیند. ناظری سریعا طناب مربوطه را از کابینت داخل اتاق در آورد. مقادیری پارچه سفید برداشت، چشم و دست او را از پشت سر بست. طناب را به گردن او انداخت. او را به روی شکم خواباند و حدود چهار یا پنج دقیقه طناب را تنگ کرد و آن را کشید. در این حالت ناظری دهان سوژه را با یک پارچه سفید گرفته بود تا از ریختن خون به زمین و ایجاد سروصدای احتمالی جلوگیری کند. این دو از روی ناخن‌ها تشخیص دادند که کار تمام شده است. در جاده‌ی افسریه یک مسیر فرعی به کارخانه‌ی سیمان تهران منتهی می‌شد. جنازه را بیرون گذاشتیم.»
مقام‌های قضایی بعد‌ها اعلام کردند که جسد محمد مختاری روز ۱۳ آذر در بیایان‌های امین‌آباد، پشت کارخانه سیمان ری از سوی عابران کشف و به عنوان مجهول الهویه به پزشکی قانونی تحویل شده بود.
او در امام‌زاده طاهر کرج به خاک سپرده شد.
همزمان با انتشار خبر پیدا شدن جسد بی‌جان مختاری، محمد جعفر پوینده مترجم و یکی دیگر از اعضای کانون نویسندگان هنگامی که برای قرار ملاقاتی عازم دفتر اتحادیه ناشران و کتابفروشان تهران بود، ربوده شد. جسد بی‌جان پوینده نیز از سوی ماموران نیروی انتظامی در زیر پل راه آهن بادامک در حوالی شهریار پیدا شد.
کانون نویسندگان ایران در سالگرد قتل این دو زنده یاد بیانیه ای منتشر کرده است:
جمعه ۱۶ آذر ماه امسال مأموران امنیتی نه فقط گورستان که خیابان‌های منتهی به آن و پارک مجاور گورستان را نیز محاصره کردند و راه‌های رسیدن مردم به مزار محمد مختاری و محمدجعفر پوینده را مسدود و از برگزاری مراسم آن دو ستم‌کشته‌ی سرفراز جلوگیری کردند.
چند تن از اعضای کانون نویسندگان ایران پیش از ساعت ۱۵ به نزدیکی گورستان رسیدند و مورد تهدید نیروهای سرکوبگر امنیتی قرار گرفتند. دقایقی بعد مأموران ماشین مریم حسین‌زاده، همسر محمد مختاری، را دوره کردند و ضمن تهدید او به بازداشت، مانع پیاده شدن او از ماشین شدند. با رسیدن هر گروه، مأموران امنیتی آنها را دوره و تهدید به برخورد و توقیف ماشین می‌کردند. این شرایط با عکسبرداری از پلاک ماشین‌های حاضران و تهدید آنها به ضرب و شتم ادامه یافت و سرانجام به متفرق کردن کامل جمعیت انجامید.
۲۶ سال پس از قتل محمد مختاری و محمدجعفر پوینده، صف‌کشی حکومت در مقابل اعضای کانون نویسندگان ایران و سایر دادخواهان همچنان ادامه دارد.
نیروهای امنیتی، امسال هیچ ابایی از صف‌آرایی در خیابان و نمایش قدرت سرکوب نداشتند. انبوه نیروهایشان در کمین هر فردی بود که قصد شرکت در مراسم سالگرد محمد مختاری و محمدجعفر پوینده را داشت. امسال بار دیگر حاکمیت نشان داد که هرجا سخن از دادخواهی باشد، عمله اکره‌ی امنیتی‌اش را بسیج می‌کند. حضور هرساله‌ی اعضای کانون نویسندگان ایران، مردم آزاده و سایر دادخواهان بر مزار دو جانباخته‌ی راه آزادی بیان، پاسداشت آرمان‌ها آزادی‌خواهانه است.
